Τα Ιόνια νησιά αποτελούν τα δυτικά σύνορα της Ελλάδας ακριβώς στα νότια της Αδριατικής Θάλασσας. Το κλίμα δεν εμφανίζει ακραίες συνθήκες και η θαλάσσια επιρροή είναι υψίστης σημασίας. Τα επτά νησιά του Ιονίου είναι αρκετά ορεινά, και κατά τόπους πολύ απότομα, με πιο άγρια τοπογραφία από τα νησιά του Αιγαίου, που οδηγεί σε μεγάλη ποικιλία προσανατολισμών, κλίσεων και γονιμότητας του εδάφους. Όλα αυτά έχουν ως αποτέλεσμα ποικιλόμορφα terroirs και στυλ κρασιού. Το μεγάλο εύρος όμως σε στυλ, δεν οφείλεται μόνο στο κατακερματισμένο terroir, αλλά και στον μεγάλο αριθμό των ποικιλιών που καλλιεργούνται. Μερικές από αυτές είναι πολύ σπάνιες και καλλιεργούνται σχεδόν αποκλειστικά σε αυτό το κομμάτι της Ελλάδας.

Η Κεφαλονιά είναι πρωτοπόρος στα Ιόνια νησιά, παράγοντας τα σπουδαιότερα και πιο διάσημα κρασιά. Αυτό το ορεινό νησί φιλοξενεί τρεις ζώνες ΠΟΠ. Τα κρασιά ΠΟΠ Ρομπόλα Κεφαλληνίας παράγονται από 100% Ρομπόλα και αναπτύσσουν ένα λεμονάτο ορυκτό χαρακτήρα με αισθητή οξύτητα, βάθος στο φρούτο και φρεσκάδα. Το εκπληκτικό, εξαιρετικά βραχώδες, terroir, της ζώνης της Ρομπόλας, σκαρφαλώνει μέχρι τα 800μ. στις πλαγιές του όρους Αίνος. Μερικοί από τους πιο απότομους αμπελώνες είναι διαμορφωμένοι σε πεζούλες που συγκρατούνται από ξερολιθιές. Οι άλλες δύο ΠΟΠ της Κεφαλονιάς αφορούν αποκλειστικά την παραγωγή γλυκών κρασιών. Οι ΠΟΠ Μοσχάτο Κεφαλληνίας και ΠΟΠ Μαυροδάφνη Κεφαλληνίας είναι μικρές σε όγκο παραγωγής, ωστόσο τα κρασιά που παράγουν θεωρούνται από τα καλύτερα γλυκά στυλ κρασιών της Ελλάδας.

Ο ποικιλιακός πλούτος της Κεφαλονιάς είναι συγκλονιστικός. Το λευκό Τσαούσι σφίζει από αρώματα λεμονιού και μελιού, η λευκή Μοσχατέλλα έχει έναν ελαφρύ χαρακτήρα Μοσχάτου και το Βοστυλίδι είναι ένα δυνατό λευκό σταφύλι με μελένια αρώματα και απαλές τανίνες. Τα σχετικά σπάνια κρασιά από αυτές τις ποικιλίες και οι ερυθρές ξηρές εκδοχές της Μαυροδάφνης που συνεχώς αυξάνονται και κερδίζουν με την εξαιρετική ποιότητα τους, φέρουν στις ετικέτες συνήθως την ένδειξη ΠΓΕ Πλαγιές Αίνου. Οι μικρότερες ζώνες ΠΓΕ Μεταξάτα και ΠΓΕ Μαντζαβινάτα στο νησί αφορούν ερυθρά και λευκά κρασιά αντίστοιχα.

Η Ζακύνθος είναι η γενέτειρα της παραδοσιακής ονομασίας ΠΓΕ Βερντέα Ονομασία κατά παράδοση Ζακύνθου. Παραδοσιακά, αυτά τα λευκά πολυποικιλιακά κρασιά είχαν έντονο οξειδωτικό και ξηροκαρπάτο στυλ. Ωστόσο, στις μέρες μας, οι παραγωγοί επιλέγουν ένα πιο φρέσκο, φρουτώδες και πικάντικο στυλ, με ή χωρίς παλαίωση σε δρύινο βαρέλι. Ένας αριθμός ποικιλιακών κρασιών, από σπάνιες ποικιλίες όπως ο Αυγουστιάτης, ο Παύλος και άλλες, φέρουν την ένδειξη ΠΓΕ Ζάκυνθος.

Στη Λευκάδα (ΠΓΕ Λευκάδα) ευνοείται η καλλιέργεια του τοπικού σταφυλιού Βερτζαμί, που καταλαμβάνει το μεγαλύτερο ποσοστό των αμπελώνων και δίνει βαθύχρωμα και τανικά κρασιά. Ωστόσο στον αμπελώνα καλλιεργούνται και άλλες τοπικές ποικιλίες όπως η λευκή Βαρδέα. Η Κέρκυρα, το μεγαλύτερο από τα νησιά του Ιονίου, έχει σχετικά μικρή έκταση αμπελώνων. Με τη γεωγραφική ένδειξη ΠΓΕ Κέρκυρα πωλούνται κρασιά από τις λευκές ποικιλίες Κακοτρύγης και Πετροκόρυθο λευκό, ενώ στην ΠΓΕ Χαλικούνα παράγονται κρασιά μόνο από Κακοτρύγη.